A la fin de City Hunter, Ryo et sa partenaire Kaori commencent une nouvelle vie, tel un heureux couple. La veille de leur mariage, une tueuse à gages à efficacité redoutable, connu sous le nom de code de "Glass Heart", décide de se suicider. Elle est rongée par le remords d'avoir tué autant de personnes. Mais la jeune femme ne meurt pas et sombre dans un profond coma. Pour qu'elle survive, il lui faut une transplantation cardiaque d'urgence...